Pour la gestion de ses sites Natura 2000, la France a opté pour la voie de la concertation et de la contractualisation.
Le Comité de Pilotage et le Document d'Objectifs
Un 
Comité de Pilotage (COPIL) est constitué pour chaque site. Le comité, présidé par un élu local regroupe l'ensemble des acteurs concernés par le site Natura 2000 : services publics, collectivités, propriétaires, associations, agriculteurs, usagers, scientifiques...
Il établit le Document d'Objectifs (DOCOB) du site et suit sa mise en oeuvre, après l'approbation par le préfet. Ce document, après avoir identifié les enjeux de conservation du site, fixe les objectifs et définit les mesures qui peuvent contribuer à la préservation des espèces et habitats ayant justifié la création du site.
Le comité de pilotage choisit une structure porteuse (collectivité territoriale ou groupement de collectivités) qui est chargée de la réalisation du Document d'Objectifs et du suivi de sa mise en oeuvre. Celle-ci passe par une participation active des acteurs locaux à travers différents outils contractuels de gestion :
- les contrats Natura 2000
- les mesures agro-environnementales
- la charte Natura 2000